АО "Столичные аптеки" было создано в декабре 2005г. в соответствии с распоряжением Департамента городского имущества г.Москвы и являлось правопреемником ГУП.

В августе 2016г. по результатам проведенного аукциона владельцем АО "Столичные аптеки" стало ООО "Миттен" (структура компании Capital Group).

В 2017г. собственником было принято решение о проведении ребрендинга сети. В течение 2017-2018г.г. был проведен капитальный ремонт более 100 аптечных объектов. Неиспользуемые площади частично сдаются в аренду. Ключевыми партнерами АО "Столичные аптеки" стали торговые сети "Пятерочка" и "Магнит".

По состоянию на 1 января 2021г. сеть насчитывает 75 действующих аптек, расположенных во всех районах Москвы (исключая "Новую Москву").